มาตรา 36 ให้เลขาธิการภายใต้การควบคุมดูแลของคณะกรรมการ กกม. และ กบส. ต้องดำเนินการตามคำสั่งของคณะกรรมการ กกม. และ กบส. ภายใต้หน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้
บริหารงานของสำนักงานให้เกิดผลสัมฤทธิ์ตามภารกิจของสำนักงาน และตามนโยบายและแผนว่าด้วยการรักษาความมั่นคงปลอดภัยไซเบอร์ แผนปฏิบัติการเพื่อการรักษาความมั่นคงปลอดภัยไซเบอร์ นโยบายของคณะรัฐมนตรีและคณะกรรมการ และข้อบังคับ นโยบาย มติ และประกาศของ กบส.
วางระเบียบภายใต้นโยบายของคณะกรรมการและ กกม. โดยไม่ขัดหรือแย้งกับกฎหมาย มติของคณะรัฐมนตรี และข้อบังคับ นโยบาย มติ และประกาศที่คณะกรรมการและ กกม. กำหนด
เป็นผู้บังคับบัญชาพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน และประเมินผลการปฏิบัติงานของพนักงานและลูกจ้างของสำนักงานตามข้อบังคับของ กบส. และระเบียบของสำนักงาน
แต่งตั้งรองเลขาธิการหรือผู้ช่วยเลขาธิการโดยความเห็นชอบของคณะกรรมการ เพื่อเป็นผู้ช่วยปฏิบัติงานของเลขาธิการตามที่เลขาธิการมอบหมาย
บรรจุ แต่งตั้ง เลื่อน ลด ตัดเงินเดือนหรือค่าจ้าง ลงโทษทางวินัยพนักงานและลูกจ้างของสำนักงาน ตลอดจนให้พนักงานและลูกจ้างของสำนักงานออกจากตำแหน่ง ทั้งนี้ ตามข้อบังคับของ กบส. และระเบียบของสำนักงาน
ปฏิบัติการอื่นใดตามข้อบังคับ นโยบาย มติ หรือประกาศของ กบส. หรือ กกม.
ในกิจการของสำนักงานที่เกี่ยวกับบุคคลภายนอก ให้เลขาธิการเป็นผู้แทนของสำนักงานภายใต้ขอบเขตที่ได้รับการแต่งตั้งโดยคณะกรรมการ
เลขาธิการอาจมอบอำนาจให้บุคคลใดในสังกัดของสำนักงาน ปฏิบัติงานเฉพาะอย่างแทนก็ได้ ทั้งนี้ ตามข้อบังคับที่ กบส. กำหนด
ในกรณีที่ไม่มีเลขาธิการหรือเลขาธิการไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ ให้รองเลขาธิการที่มีอาวุโสตามลำดับรักษาการแทน ถ้าไม่มีรองเลขาธิการหรือรองเลขาธิการไม่อาจปฏิบัติหน้าที่ได้ ให้คณะกรรมการแต่งตั้งบุคคลที่เหมาะสมมารักษาการแทน